Përveç zonës së timarit, rajonet e tjera ishin krahinat malore autonome të njohura ligjërisht nga pushteti qendror. Në këtë zonë bënin pjesë ato krahina, që i bënë qëndresë sistemit të timarit i cili nuk gjeti kushte të përshtatshme zbatimi.
Në këtë zonë, në Shqipërinë e Veriut përfshiheshin krahinat e Hotit, të Pultit të sotëm, të Shalës, të Shoshit, të Nikaj-Merturit e të Kelmendit, të Iballës, të Spasit, të Fanit të Madh, të Fanit të Vogël, të Mirditës, të Pukës e të Dibrës. Në Shqipërinë e Jugut bënin pjesë krahina e Kurveleshit dhe ajo e Bregdetit, në të cilat përfshiheshin 33 fshatra, si dhe ajo e Sulit, 50 km në jugperëndim të Janinës.
Siç shihet, krahinat e vetëqeverisura zinin një vend shumë më të vogël se zona e timarit.
Sipas të dhënave të regjistrimeve osmane të fundit të shek. XV dhe atyre të shek. XVI, në këto malësi fshatrat ishin të rralla e në përgjithësi të vogla dhe gjendeshin mjaft larg njëri-tjetrit. Popullsia e tyre ishte e pakët në numër. P.sh., në malësitë e sanxhakut të Dukagjinit kishte rreth 100 fshatra me 2 400 vatra.
Duke pasur pak tokë buke, fshatarësia e lirë merrej më shumë me blegtori. Ekonomia bujqësore e blegtorale e tyre mbështetej në metoda primitive. Bagëtitë, toka e bukës dhe banesa përbënin pronën private të secilës familje fshatare, ndërsa kullotat e pyjet përbënin pronën e përbashkët të secilit fshat. Duke u mbështetur në radhë të parë në pronën private të mjeteve kryesore të prodhimit, shoqëria malësore gjendej e ndarë në dy shtresa të ndryshme nga njëra-tjetra, në krerët që ishin mbeturina shtëpish aristokrate të periudhës së parapushtimit ose që përfaqësonin farefisni të ndryshme, të cilët zotëronin mjete prodhimi më të shumta se të tjerët, dhe në malësorët e thjeshtë, që ishin pronarë të vegjël. Por në fund të shek. XV e në shek. XVI diferencimi ekonomik i këtyre dy shtresave ishte ende i cekët.
Njësia bazë e kësaj shoqërie ishte familja. Ati i saj ishte zot absolut i pasurisë dhe i gjithë fëmijëve të rrjedhur nga gjaku i vet. Pas vdekjes së tij, pasuria u kalonte me të drejta të barabarta djemve të tij, veçse të drejtën e kreut të familjes e trashëgonte kryesisht djali i parë. Kreu i familjes drejtonte ekonominë e saj dhe e përfaqësonte atë në kuvendin e fisit dhe në atë të fshatit.
Çdo familje ruante lidhjet e veta farefisnore me familjet e tjera të rrjedhura, sipas traditës, nga një i parë i përbashkët. Këto familje përbënin, sipas emërtimeve dokesore, një “fis të caktuar”. Çështjet e përbashkëta, që u interesonin të gjithë pjestarëve të “një fisi”, zgjidheshin nga kuvendi i “fisit”. Ky përbëhej nga të gjithë kryetarët e familjeve nën drejtimin e kreut të “fisit”, i cili rridhte nga djali i parë i themeluesit të këtij lloji “fisi”.
Meqenëse në gjysmën e dytë të shek. XV fshatrat përbëheshin nga familje “fisesh” të ndryshme, zgjidhja e problemeve të tyre ekonomike e shoqërore kryhej në kuvendin e fshatit, ku bënin pjesë të gjithë kryetarët e familjeve nën drejtimin e plakut apo të pleqve të zgjedhur nga kuvendi.
Zgjidhja e problemeve të ndryshme nga këto kuvende mbështetej në normat e së drejtës dokesore, të krijuara e të ndryshuara sipas kushteve të reja që kishte krijuar zhvillimi shoqëror për secilën malësi. Normat dokesore, që vepronin në malësitë e Dukagjinit dhe që mbetën deri vonë, tradita gojore i lidhi me emrin e Lekë Dukagjinit (kanuni i Lekë Dukagjinit), ato të malësive të Krujës, Matit e Dibrës i lidhi me emrin e Skënderbeut (kanuni i Skënderbeut), kurse ato të Malësisë së Madhe i ruajti me emrin “kanuni i Maleve”. Edhe krahinat e Kurveleshit, Himarës, Sulit etj., patën kanunet e tyre, me të cilat rregulluan marrëdhëniet e brendshme me karakter ekonomik e shoqëror të malësorëve. Mungesa e autoriteteve dhe e administratës osmane në malësitë e lira bëri që këto kanune të ruheshin gjatë, edhe pse kohë më kohë pleq kodifikues anonimë i pasuruan ose dhe i ndryshuan në përputhje me ndryshimet që sillte zhvillimi i malësive.
Mirëpo me një organizim të tillë nuk mund të zgjidheshin as problemet midis “fiseve” e as ato midis fshatrave. Veçanërisht me këtë organizim të ngushtë nuk mund të zgjidheshin problemet e rëndësishme me karakter politik e ushtarak për vetëqeverisjen dhe për mbrojtjen e malësive të lira nga rreziku i depërtimit të spahinjve osmanë. Në këto kushte doli nevoja e organizimit të një administrate vetëqeverisëse të re, të mbështetur në bashkimin e një vargu fshatrash malësorë në një unitet të vetëm, në një krahinë. Krahina të tilla u bënë ato të Kuçit, Pipërit, Kelmendit dhe të Hotit qysh në gjysmën e dytë të shek. XV. P.sh., vëllazëritë e Kuçërve, Lazorcëve, Bankeqëve, Lopardëve etj., të vendosur në fshatra të ndryshme, por që, sipas traditës, kishin midis tyre lidhje farefisnore, martesore, dokesore, ekonomike etj., formuan krahinën e Kuçit. Mbi lidhje të tilla, të krijuara prej kohësh, u mbështet formimi i krahinave të tjera autonome. Por, për formimin e bashkësive të Shalës, Nikaj-Merturit, Krasniqes, Mirditës etj., u desh të kalonte jo vetëm shek. XV, por dhe shek. XVI. Sidoqoftë procesi i bashkimit krahinor u krye nën udhëheqjen e vëllazërive, të cilat kishin mundur të ngriheshin në një pozitë shoqërore-ekonomike më të lartë se të tjerat. Këto vëllazëri mbizotëruan mbi të tjerat dhe në një varg rastesh i dhanë emrin e tyre gjithë krahinës ose përdorën emrin e saj, si p.sh., krahinës së Kuçit, të Hotit, të Pipërit, të Nikajt, të Mirditës etj. Në raste të tjera krahinat morën emrat e fshatrave ku u vendosën së pari vëllazëritë mbizotëruese, si: Shala, Shoshi, Merturi etj. Edhe fshatrat e reja, që u krijuan ndërkohë prej vëllazërive të shkëputura nga fshatrat më të vjetra, morën zakonisht emrat e krerëve të vëllezërve themelues, si: fshatrat Lekbibaj, Gjonpepaj, Lekaj etj., në krahinën e Shalë-Shoshit.
Bashkimet krahinore vetvetiu përftuan nevojën e krijimit të Kuvendit Krahinor të përbërë, me sa duket, prej krerëve të vëllazërive dhe të udhëhequr prej kreut të vëllazërisë mbisunduese. Ky organ tashmë ishte në gjendje të ngrinte më këmbë, në rast mbrojtjeje ose dhe sulmi, një forcë luftarake mjaft të rëndësishme të përbërë nga burrat që dërgonin fshatrat sipas parimit burrë për shtëpi. Luftëtarët e një “fisi” i udhëhiqte djali pas kreut të “fisit”, që rridhte nga djali i dytë i themeluesit të “fisit”. Në raste të jashtëzakonshme, të qëndresës kundër ekspeditave ushtarake osmane, kuvendi krahinor lëshonte kushtrimin për mobilizimin e gjithë burrave të krahinës të aftë për luftë. Me një bashkim të tillë krahinat e vetëqeverisura u paraqitën si forma organizimi shoqëror shumë të përshtatshme për nevojat e luftës për ruajtjen e vetëqeverisjes dhe për çlirim.
Pa tokë të mjaftueshme e prodhuese dhe me një organizim patriarkal që i bënte ato forca shumë të qëndrueshme ndaj sundimit osman, malësitë e vetëqeverisura shqiptare nuk përmbushnin kushtet e përshtatshme ekonomike e shoqërore për të zbatuar sistemin e plotë të timarit. Për këtë arsye, dhe veçanërisht për të mos acaruar më tej konfliktin politik derisa të konsolidonin dora-dorës sundimin e tyre, autoritetet osmane e lanë gjendjen e malësive gjatë dy dhjetëvjeçarëve të fundit të shek. XV (1480-1500) pothuajse ashtu sikurse ishin para pushtimit. Duke u përfshirë në haset e sulltanit ose të sanxhakbejlerëve dhe duke u ngarkuar me detyrimet e mëparshme, krahinat e vetëqeverisura nuk ndërruan veçse kryezotin e dikurshëm me një kryezot të ri. Gjendja e tyre ishte pothuajse e njëjtë me atë të tokave të quajtura haraxhije, të cilat paguanin një detyrim global.
Me regjistrimin e vitit 1485, kur pjesa më e madhe e Malësisë së Madhe dhe e Dukagjinit, si dhe disa fshatra të Tejbunës, u përfshinë në haset e sulltanit dhe të sanxhakbejlerëve të Shkodrës e të Dukagjinit; ato u ngarkuan të paguanin në formë globale aq sa u patën paguar kryezotërve shqiptarë, d.m.th., një flori osman ose një dukat venedikas (baraz me 50 akçe) për shtëpi. Për këtë arsye këta fshatarë e malësorë u quajtën florixhinj. Ky detyrim global duhej paguar nga secila krahinë më vete.
Nga viti 1485 e deri më 1497, pasi e shtrinë sundimin e tyre në malësitë e Veriut, të Verilindjes e të Jugut dhe e përforcuan pozitën në viset fushore e në qytetet, sundimtarët osmanë u përpoqën të zbatonin kudo sistemin e timarit me të gjitha karakteristikat e tij. Florixhinjtë malësorë i shndërruan në derbendxhinj, në roje e mirëmbajtës të rrugëve që kalonin nëpër malësitë. Kështu banorët e gjithë krahinave malore të sanxhakut të Shkodrës nga Hoti e Kelmendi, në perëndim, deri në Tropojë e Pejë, në lindje, duhet të siguronin qarkullimin e lirë në rrugët që lidhnin Shkodrën me Podgoricën, me Pejën e me gjithë Kosovën, kurse ata të krahinës së Kurveleshit në sanxhakun e Delvinës, rrugën që lidhte Vlorën me Gjirokastrën. Njëkohësisht ata duhet të hapnin rrugët nga dëbora dhe të ndërtonin e të mirëmbanin urat. Përkundrejt këtyre shërbimeve atyre u falej detyrimi për të paguar taksat e jashtëzakonshme, por nuk u faleshin detyrimet e së dhjetës, ispenxhës, xhizjes dhe taksës së dhenve që duhej t’i paguanin në formë globale. U përjashtua nga kjo masë krahina e Kelmendit, e cila u ngarkua të paguante vetëm 1 000 akçe xhizje dhe 1 000 akçe ispenxhe, për arsye të varfërisë ekonomike. Duke e shndërruar florixhiun në derbendxhi, nga njëra anë, shteti osman e rëndoi shfrytëzimin por, nga ana tjetër, ai i la krahinat malore nën kontrollin e malësorëve dhe ligjëroi kështu të drejtën e tyre të vetëqeverisjes.
Në malësitë e Veriut dhe të Verilindjes nuk u krye regjistrimi i detyrimeve sipas sistemit të timarit. Por edhe në ato të Himarës e të Sulit, kur u krye një regjistrim i tillë, pronësia shtetërore mbi tokën nuk u vendos dhe nuk u zbatua sistemi i lëshimit të tapisë.
Prona e përbashkët e bashkësive fshatare dhe e vëllazërive malësore mbi kullotat si dhe prona private mbi tokat e punueshme mbetën të lira dhe të pacenuara. Rrjedhimisht, detyrimet mbetën të ngulitura dhe mënyra e pagimit të tyre ruajti formën globale për secilën krahinë më vete. Në malësitë e Kurveleshit sundimtarët osmanë bënë një hap më përpara drejt vendosjes së plotë të sistemit të timarit. Mbas ekspeditës ndëshkimore të sulltan Bajazitit II e gjer më 1506, spahinjtë mundën të depërtonin në fshatrat derbendxhinj. Ky hap bëri që, ndryshe nga derbendxhinjtë e veriut, ata të Kurveleshit u detyruan t’u jepnin spahinjve dhe nga një killë (20 okë ose 25,6 kg) për të dhjetën e badihavatë dhe nga 10 akçe për kokë si ispenxhe.
Derbendxhinjtë shqiptarë nuk i paguanin rregullisht detyrimet, prandaj këto, në më të shumtën e rasteve, mbeteshin vetëm në letër. Për rrjedhim, autoritetet pushtuese organizonin herë pas here ekspedita ushtarake kundër tyre. Por qëndresa e fshatarësisë së lirë malore të veriut e të verilindjes me organizimin e vet shoqëror e ushtarak ishte e fuqishme. Malësorët, të lidhur me njëri-tjetrin dhe pa ndonjë faktor përçarës me rëndësi, përbënin një forcë mjaft kompakte që i jepte qëndrueshmëri e gjallëri luftës së tyre kundër ekspeditave të qeveritarëve osmanë për t’i nënshtruar e për t’i shfrytëzuar.
Edhe pse kishin përballë një forcë të tillë si dhe kushte ekonomike e shoqërore të papërshtatshme për sistemin e timareve, osmanët nuk i reshtën përpjekjet e tyre për t’i futur nën shfrytëzimin e vet dhe për t’i dhënë fund vetëqeverisjes së malësive. Këto përpjekje e acaruan dhe e mbajtën hapur konfliktin politik dhe ekonomik me fshatarësinë malore, trevat e së cilës u bënë vatra të patunduara të qëndresës së gjatë e të ashpër, si dhe një mbështetje e rëndësishme e qëndresës së përgjithshme të popullit shqiptar kundër pushtimit osman.