Në mbarim të vitit 1787, kur Ali pashë Tepelena vuri në dorë sundimin e Janinës, në Shkodër kishte dështuar ekspedita e parë ndëshkimore kundër Kara Mahmud Pashës. Po në këtë kohë ose më saktë në fillim të vitit 1788 hyri në luftë kundër Perandorisë Osmane edhe Austria. E gjetur në luftë me Rusinë dhe me Austrinë, Porta e Lartë e miratoi shtrirjen e qeverisjes të Aliut në sanxhakun e Janinës, jo vetëm pse kishte nevojë të madhe për forcat e tij luftarake, por edhe pse me këtë veprim ajo synonte që të pengonte mundësinë e marrëveshjes së dy pashallarëve të fuqishëm shqiptarë, të cilët dy vjet më parë kishin qenë aleatë, dhe të ndalonte kalimin e tyre në anën e Fuqive të Mëdha.
Shtrirja e pushtetit të Ali pashë Tepelenës edhe në sanxhakun e Janinës, ose përqendrimi i qeverisjes së sanxhakëve të Tërhallës e të Janinës në një dorë të vetme, krijoi bërthamën e Pashallëkut të Janinës (1787). Ky përqendrim i dha dorë parisë feudale shqiptare të bëhej klasë sunduese edhe nga pikëpamja ekonomike, duke u shndërruar pronare e pjesës më të madhe e më të rëndësishme të kullotave, të pyjeve dhe të tokës së punueshme të këtyre dy sanxhakëve. Kështu u krijua baza nga e cila kjo pari, nën drejtimin e Ali Pashës, mundi të shtrinte pushtetin e vet mbi të gjitha trojet e Shqipërisë Jugore.
Ndërsa pas nënshkrimit të traktatit të paqes së Kyçyk Kajnarxhisë, më 1774, besimi i çifligarëve shqiptarë te qëndrueshmëria e Perandorisë Osmane vetëm sa kishte filluar të tronditej, pas 15 vjetësh, kur ajo kishte hyrë në luftë kundër dy perandorive më të fuqishme evropiane, që synonin ta copëtonin, mosbesimi u rrit bashkë me theksimin e rrezikut të shembjes së saj të afërme.
Ashtu si pjesa kryesore e ajanëve shkodranë, përkrahës të vezirit Bushatlli, edhe shumica e ajanëve të Shqipërisë Jugore, mbi të cilët mbështetej Ali pashë Tepelena, kujtonin se lufta e Rusisë dhe e Austrisë kundër Perandorisë Osmane do të sillte ndryshime të rëndësishme politike në pjesën evropiane të kësaj perandorie të kalbur nga brenda. Duke menduar për të ardhmen e tyre, por në të njëjtën kohë edhe për fatin e vendit ku sundonin, krerët e parisë shqiptare synonin që, pas dëbimit të osmanëve, të ruanin pushtetin në atë pashallëk ku kishin pronat e tyre. Në përshtatje me këto interesa jetike u rrit në radhë të parë bashkimi i shtresës së çifligarëve rreth Aliut, i cili përcaktoi, sipas rrethanave, vijat e politikës së pashallëkut të ri.
Politika e brendshme
Në politikën e brendshme Ali Pasha veproi me shkathtësi të madhe, për të mos i lejuar familjet e vjetra feudale, të cilat kishin qenë mbështetja kryesore e Portës së Lartë, të bashkoheshin kundër tij. Prandaj, ai i goditi me shpejtësi duke shkatërruar jo vetëm pushtetin e tyre politik, por edhe atë ekonomik. Për të krijuar një bazë sa më të gjerë e më të shëndoshë shoqërore, Ali Pasha siguroi mbështetjen e familjeve të vjetra kundërshtare që sundonin në sanxhakun e Janinës, duke u dhënë atyre jo vetëm ofiqe në administratë e në ushtri, por edhe prona e pasuri të konfiskuara të feudalëve të vrarë, të kapur apo të arratisur. Në këtë mënyrë, bashkëluftëtarët e vjetër dhe të rinj të pashait tepelenas, sikurse edhe vetë ai, e rritën pasurinë e tyre dhe nuk mbetën rrogëtarë apo shërbëtorë të tij, siç pretendohet në ndonjë studim pa asnjë mbështetje dokumentare. Për më tepër, kjo shtresë e re sunduese, e përbërë thuajse tërësisht nga shqiptarë, duke përdorur të gjitha format, e shpejtoi ritmin e procesit të çifligimit dhe e shtoi numrin e çifligjeve që kishte në zotërim. Vetë Ali Pasha u bë çifligari më i madh. Ndryshe nga ajanët me origjinë feudale-ushtarake të shtresave të larta dhe nga ata që më parë u pasuruan, e pastaj vunë në dorë pushtetin, paria sunduese e sanxhakëve të Janinës dhe të Tërhallës me Ali Pashën në krye e shumëfishoi pasurinë pasi mori pushtetin në duart e veta.
Mirëpo ekonomia çifligare lidhej ngushtë me ekonominë qytetare. Edhe Ali pashë Tepelena, ashtu si Mahmud pasha i Shkodrës, ishte i interesuar për një zhvillim të shpejtë të ekonomisë qytetare që përbënte një burim tjetër të madh pasurimi. Prandaj ai e përdori pushtetin politik në shërbim të zhvillimit ekonomik të vendit.
Pasi zhduku një numër familjesh të mëdha feudale, ai shpartalloi, dëboi jashtë kufijve ose i nënshtroi duke i futur në shërbimin e tij thuajse të gjitha bandat, që mbillnin pasigurinë ndër banorët ose që pengonin me grabitjet e tyre qarkullimin e lirë të mallrave. Me përjashtim të viseve përreth malësisë së Sulit, ku kohë më kohë sulmonin çetat e suliotëve, thuajse kudo në pashallëk u vendos qetësia. Pa cenuar privilegjet e parisë sunduese vendase, por edhe pa i lejuar asaj të kryente veprime arbitrare, Ali Pasha tregoi kujdes të veçantë për mbrojtjen e jetës dhe të pronës së shtresës së pasur zejtare e tregtare, pa bërë dallim nëse i përkiste kombësisë shqiptare apo greke dhe nëse ishte myslimane, hebraike apo e krishterë. Kështu ai siguroi përkrahjen e kësaj shtrese.
Në të njëjtën kohë, për të tërhequr pas vetes popullsinë e besimeve të ndryshme të pashallëkut, Ali Pasha lejoi ushtrimin e lirë të veprimtarisë së institucioneve fetare të të gjitha llojeve dhe inkurajoi si arsimin fetar, ashtu edhe atë laik. Në këtë mënyrë sundimtari i ri mundi të afronte edhe klerin, e sidomos atë ortodoks.
Ushtria
Duke qenë se shtylla kryesore e sundimit të vet ishte ushtria, Ali Pasha vëmendjen kryesore ia kushtoi asaj. Themelin e kësaj ushtrie e bënin ushtarët me rrogë, me prejardhje kryesisht nga malësitë e varfra të Shqipërisë Jugore. Këta ushtarë të varfër plotësonin nevojën e jetesës së familjeve të tyre me rrogat që merrnin dhe për këtë arsye interesat e tyre ishin të lidhura me ato të parisë feudale sunduese, së cilës i shërbenin.
Krahas ushtarëve shqiptarë, në forcat e armatosura të Pashallëkut të Janinës, veçanërisht për ruajtjen e grykave e të rrugëve, bënin pjesë gjithashtu me rrogë edhe reparte malësorësh vllahë e grekë, martallozët ose armatolët, të cilët dikur përbënin repartet e vetëmbrojtjes fshatare kundër arbitraritetit fedual. Tani këtë detyrë e kryenin forcat e derbendëve të Aliut. Në rast nevoje mobilizoheshin me detyrim edhe forcat e esnafeve qytetare, si dhe forcat fshatare nga çifligjet. Nuk munguan të pajtoheshin e të shërbenin në ushtrinë e Pashallëkut të Janinës edhe ushtarë me pagesë nga Shqipëria Veriore e Verilindore.
Ushtria ndahej në reparte këmbësore, që përbënin forcën kryesore të saj, por në të filluan të dukeshin edhe bërthama kalorësie e artilerie.
Pashallëku u pajis edhe me një aparat administrativ e gjyqësor sipas organizimit osman, me ndryshimin e rëndësishëm se pranë çdo myteselimi ose qeveritari krahinor, u krijua një këshill i përbërë nga paria myslimane ose ajanët, të cilët ishin përfaqësuesit e krahinave myslimane, dhe nga paria e krishtere ose koxhabashët, të cilët ishin përfaqësuesit e krahinave të krishtere. Veç kësaj, vendimet gjyqësore apeloheshin në Janinë e jo në Stamboll dhe në krye të këtij aparati, përveç myslimanëve me përvojë, Ali Pasha tërhoqi një varg këshilltarësh dhe sekretarësh nga elementi i krishterë.
Mënyra qeverisëse
Në krye të aparatit të pashallëkut qëndronte vetë Aliu si një sundimtar absolut. Ai ndihmohej nga një këshill i lartë apo divan, që përbëhej nga djemtë e tij si dhe nga miqtë më të ngushtë e më besnikë, sikurse ishin Thanas Vaja, Jusuf Arapi, Tahir Abazi, Meço Bono, Veli Gega, Hysen Poda, Dalip Përmeti, Dervish Hasani, Ago Vasjari, Mehmet Myhyrdari etj. Përveç pushtetit ekzekutiv, Ali Pasha kishte kthyer në pronë private të tij edhe thesarin, i cili nën kujdesin e tij të veçantë, ishte gjithmonë në gjendje të përballonte shpenzimet.
I ndërtuar në këtë mënyrë, ky aparat i shërbente pushtetit tanimë autonom të shtresës sunduese të çifligarëve vendas, e cila ndonëse nuk ishte shkëputur plotësisht nga varësia politike e pushtetit qendror, qeveriste në mënyrë autonome, kurse me dëbimin e osmanëve, ajo synonte të krijonte shtetin e vet të pavarur. Udhëheqësi i saj mbajti lidhje të rregullta me pushtetin duke shlyer gjithë detyrimet financiare ndaj arkës perandorake, për të mënjanuar çdo konflikt të parakohshëm dhe për ta përdorur atë në dobi të përforcimit të mëtejshëm të pashallëkut e të shkëputjes së tij nga kjo vartësi e Stambollit.
Suliotët
Përforcimi i pushtetit brenda pashallëkut dhe shtrirja e tij kryesisht në troje shqiptare, për të arritur pastaj në shkëputjen nga varësia e Portës së Lartë, ndodhën në kushtet kur u shtrua mundësia e dëbimit të osmanllinjve nga Evropa, që përbënte njëherazi qëllimin kryesor të veprimtarisë së Ali Pashës në dhjetëvjeçarin e fundit të shek. XVIII. Në përputhje me këtë qëllim ai ndoqi një politikë të dyfishtë: synonte të shfrytëzonte në dobi të vet, sa të qe e mundur më shumë, konfliktin midis Perandorisë Osmane e fuqive armike të saj, si dhe konfliktet midis vetë Fuqive të Mëdha evropiane, që cenonin drejtpërsëdrejti ose tërthorazi ekzistencën e shtetit osman dhe që lidheshin në një farë mase edhe me të ardhmen e Pashallëkut të Janinës dhe të të gjithë Shqipërisë. Pasi forcoi pozitat e veta duke marrë pjesë në luftë, në frontin e Danubit gjatë vitit 1788, Ali Pashës iu desh të ndeshej me një besëlidhje të kapedanëve suliotë dhe të qeveritarëve të sanxhakëve të Delvinës e të Vlorës, të cilën e përkrahën autoritetet osmane për të ruajtur anarkinë feudale në Shqipërinë Jugore.
Të shqetësuar prej ardhjes në fuqi të Ali Pashës në sanxhakun e Janinës, sunduesit osmanë mbajtën qëndrim armiqësor ndaj tij. Ata strehuan në zotërimet e tyre feudalët e ndjekur dhe të shpronësuar nga sundimtari i Janinës, nxitën dhe ndihmuan me armë, me municione e me ushqime suliotët e himariotët, u premtuan atyre ndihmë kundër Ali Pashës dhe ndërhynë që paria çame dhe pashallarët e Delvinës e të Beratit të lidheshin kundër tij.
Të inkurajuara në këtë mënyrë, të gjitha këto forca filluan të lëvizin. Sidomos suliotët dendësuan sulmet e tyre kundër trafikut të rrugës Janinë-Artë. Prania e malësisë së panënshtruar e të vetëqeverisur të Sulit dhe veprimtaria e banorëve të saj përbënin për pashallëkun një rrezik të brendshëm që duhej mënjanuar me çdo mënyrë. Këta malësorë trima e guximtarë, të vendosur në një vend strategjik, 50 km në jugperëndim të Janinës, jo vetëm shqetësonin rrugët e pronat feudale, por kishin arritur të dëbonin një varg feudalësh nga 60-70 fshatra përreth malësisë së tyre, të cilat i kishin vënë “nën mbrojtje” kundrejt një rente të rregullt në prodhime e në të holla. Për ta mënjanuar rrezikshmërinë e suliotëve, për Aliun kishte vetëm dy zgjidhje: ose t’i afronte që t’u shërbenin interesave të tij, të pashallëkut, ose t’i nënshtronte me forcë.
Duke i mbetur besnikë lidhjeve të tyre të vjetra me Republikën e Venedikut, suliotët nuk pranuan propozimet e Ali Pashës për marrëveshje. Kështu filloi lufta e gjatë dhe e vështirë që ndërmori Ali Pasha kundër anarkisë feudale brenda vendit. Kjo luftë u gërshetua edhe me orvatjet e tij për të nënshtruar sanxhakët e Shqipërisë Jugore nën një pushtet të vetëm politik, dhe për t’i dhënë fund anarkisë. Në shkurt të vitit 1789 ushtria e Janinës, që u nis kundër malësisë së panënshtruar të Sulit, u detyrua të tërhiqej për shkak të kundërsulmit të malësorëve trima, por edhe për shkak të komplotit të madh të mytesarifit të Janinës, që u përgatit nga feudalët kundërshtarë përreth pashallëkut. Ali Pasha përfundoi menjëherë paqen me suliotët, të cilëve u pagoi shuma të konsiderueshme dhe iu vu punës për të mënjanuar ngatërresat që ishin kurdisur prapa krahëve të tij.
Lufta e Ali Pashës kundër suliotëve e kishte favorizuar lidhjen e një marrëveshjeje midis agallarëve të Çamërisë dhe sundimtarëve të sanxhakëve të Delvinës dhe të Vlorës. Këta nuk e shihnin me sy të mirë ardhjen në fuqi të Ali pashë Tepelenës dhe përforcimin e pushtetit të tij për shkak të pasojave ekonomike e ushtarake që do të sillnin ato në sanxhakët e tyre. Nën ndikimin e një shqetësimi të tillë, Ibrahim pashë Vlora, rivali i Aliut për postin e derbend-pashës, mori nga valiu i Rumelisë për vitin 1789 sipërmarrjen e të ardhurave të krahinës së Korçës, që qeveritari i Janinës e kishte marrë një vit më parë. Mirëpo Ali Pasha nuk hoqi dorë dhe e mbajti sipërmarrjen me forcë, duke zhvilluar luftime në zonën Kostur-Bozhigrad-Korçë kundër rivalit dhe të besëlidhurve të tij, të cilët mundi t’i shpërndante. Gjatë këtyre luftimeve ndëshkoi fshatrat e Hormovës dhe të Leklit, që dikur kishin qenë nën “mbrojtjen” e shtëpisë së tij dhe që tani bënin pjesë në radhët e të besëlidhurve armiq të tij. Rivaliteti midis qeveritarëve të Janinës e të Beratit, i shkaktoi ngatërresa të mëdha Aliut: Porta e Lartë, për të mënjanuar sherrin midis dy rivalëve, ia hoqi Ali Pashës qeverisjen e sanxhakut të Tërhallës si dhe detyrën e derbend-pashës dhe ia dha këtë dhëndrit të sulltanit, Beqir Pashës. Mirëpo ky nuk mundi të vendoste rregullin e qetësinë, sepse forcat ushtarake qenë lidhur me Aliun e i mbetën besnike atij. Valiu i Rumelisë kërkoi me ngut që ato detyra t’i ktheheshin Aliut, sepse vetëm ai ishte në gjendje të vendoste qetësinë dhe të rekrutonte ushtarë për në front.
Lufta Ruso-Turke (1787-1792)
Ndërkohë luftimet në frontin rus nuk shkuan mbarë për osmanët. Kjo e nxiti Ali Pashën për të krijuar pa humbur kohë lidhje me rusët. Duke iu bindur thirrjes së sulltanit për të shkuar në luftë, Aliu nuk ndenji atje veçse aq kohë sa iu desh që të hynte në letërkëmbim me princin Potjomkin. Ky i premtoi një marrëveshje të favorshme dhe e shtyti të vazhdonte të pengonte dërgimin e forcave ushtarake të pashallarëve shqiptarë në luftën kundër Rusisë.
Në shkurt të vitit 1791, Ali Pasha zhvilloi bisedime të reja me një diplomat rus, të cilit i deklaroi se ishte gati të merrte anën e Rusisë në qoftë se i jepeshin garanci se pas luftës do të mbetej i pavarur. Kurse në muajin qershor i kërkoi komandantit të flotiljes ruse në detin Mesdhe t’i dorëzonte princit Potjomkin propozimet e veta për një aleancë ushtarake dhe për të diskutuar për fatin e mëtejshëm të Pashallëkut të Janinës pas dëbimit të osmanëve nga Gadishulli Ballkanik. Ali Pasha premtoi të merrte pjesë në një kryengritje antiosmane të shqiptarëve dhe të grekëve. Për këtë qëndrim ai kërkoi sigurime për njohjen e tij si zot e sundues i pashallëkut, për njohjen e kufijve të territorit që do të zotëronte dhe për ushtrimin e lirë të fesë nga myslimanët. Nga ana e vet ai u zotua t’i trajtonte njëlloj si myslimanët, ashtu edhe të krishterët në administratë e në ushtri dhe pranonte që Rusia të kishte të drejtën e mbrojtjes së të krishterëve në shtetin e tij. Ali Pasha kërkoi gjithashtu që, në rast se kryengritja do të dështonte, Rusia ta merrte nën mbrojtjen e saj për t’i shpëtuar ndëshkimit të sulltanit. Më në fund, ai pranoi që, si garanci të dërgonte peng në Petërsburg njërin nga djemtë e vet, i cili të mësonte atje artin ushtarak rus. Mirëpo, për këtë çështje kaq të rëndësishme, atij iu tha se duhej të priste përgjigjen nga qeveria qendrore.
Propozimeve të lartpërmendura, që shprehnin dëshirën e Ali Pashës për të siguruar pas fitores mbi osmanët pozitën e vet si sundimtar i një shteti shqiptar, qeveria ruse nuk u dha përgjigje. Së pari, si qeveri e një populli të madh ortodoks, që i kishte vënë detyrë vetes të çlironte popujt e krishterë nga sundimi i gjysmëhënës dhe t’i fuste nën zotërimin e saj, Rusia nuk mund të pranonte sundimin e një princi mysliman mbi të krishterët shqiptarë e grekë dhe, së dyti, ishte koha kur lufta me Perandorinë Osmane po merrte fund. Në fillim të vitit 1792 u nënshkrua traktati i paqes në Jashi.
Suliotët
Ndërsa qeveritari i Janinës zhvillonte bisedimet me diplomatët rusë dhe priste përgjigjen e oborrit rus, suliotët ia filluan një fushate plaçkitjesh që zgjati nga pranvera e vitit 1791 deri në mbarim të tij. Përveç fshatrave dhe rrugëve tregtare, ata sulmuan dhe plaçkitën krahinat e Paramithisë, Margëllëçit dhe Artës. Këto veprime i shtrinë deri në fshatrat e Pindit. Kështu ata ndezën zemërimin jo vetëm të çifligarëve, por edhe të fshatarësisë së dëmtuar rëndë dhe të zejtarëve e të tregtarëve të Janinës, të Artës, të Paramithisë, të Margëllëçit etj., dhe të qyteteve të lidhura ekonomikisht me to.
Në muajin korrik 1792 Ali Pasha, i lidhur me agallarët e bejlerët çamë si dhe me krerët e armatolëve të fshatrave të dëmtuara, sulmoi malësinë e Sulit për ta nënshtruar, meqenëse edhe këtë herë, krerët e saj kishin refuzuar çdo lloj marrëveshjeje. Por edhe këtë herë sulmi i pashës së Janinës dështoi, mbasi nën nxitjen e agjentit rus në Korfuz, L. Benaqi, u krijua një besëlidhje e re e feudalëve të sanxhakëve fqinjë dhe e kapedanëve suliotë. Ali Pasha mënjanoi më parë suliotët. Besëlidhja nuk arriti të hynte në veprim, sepse Aliut i erdhi në ndihmë edhe Porta e Lartë, e cila ndërhyri për t’i pajtuar, duke vendosur marrëdhënie krushqie midis qeveritarëve të Janinës dhe të Beratit.
Gjatë viteve 1787-1797 Ali Pasha kishte mundur të shtrinte pushtetin e vet vetëm në një territor të ngushtë që kapte krahun e djathtë të lumit Vjosë deri në krahun perëndimor të vargmalit të Pindit, d.m.th. hapësirën Konicë-Këlcyrë-Korçë, si dhe krahinat e Artës. Por ky pushtet bazohej më shumë në sipërmarrjet e të ardhurave të tyre dhe në pëlqimin e valiut të Rumelisë e të Kapedan Pashës se sa në forcën e armëve të tij. Sidoqoftë, me këtë përfundoi faza e parë e përpjekjeve për forcimin e pashallëkut. Suksesin më të madh për shtrirjen drejt bregdetit dhe në Shqipërinë Jugore Ali Pasha e arriti në vitet e fundit të shek. XVIII, kur ndodhën ngjarje të mëdha politike në arenën ndërkombëtare.
Franca në Korfuz
Në këtë kohë Republika Franceze kishte filluar luftërat pushtuese. Armata e Italisë, që komandohej nga gjeneral Napoleon Bonaparti, pasi nënshtroi një numër shtetesh italiane, nënshtroi edhe Republikën e Venedikut. Me nënshkrimin e traktatit të Kampo Formios midis Republikës Franceze dhe Perandorisë Austriake iu dha fund në vitin 1797 sundimit në këtë trevë të shtetit venedikas, zotërimet e të cilit në ishujt dhe në bregdetin Jonian u vunë nën sundimin francez. Kështu kufijtë e Francës u shtrinë deri në kufijtë e Pashallëkut të Janinës.
Sukseset e forcave të armatosura në Itali, i dhanë dorë gjeneral Bonapartit që t’i paraqiste Direktoratit planin e sulmit kundër kolonive angleze, të cilat përbënin burimin kryesor të potencialit ekonomik të Anglisë. Ky plan do të fillonte me depërtimin e një armate franceze në
Egjipt. Direktorati e miratoi planin edhe pse depërtimi me luftë në Egjipt do ta armiqësonte me Perandorinë Osmane.
Për të lehtësuar ndërmarrjen ushtarake në Egjipt, Franca përkrahte fuqizimin e pashallarëve të Rumelisë dhe prirjet e tyre vetëqeverisëse në dëm të pushtetit qendror të sulltanit. Komandanti francez i Korfuzit u urdhërua ta përkrahte Ali pashë Tepelenën në forcimin e pushtetit të tij brenda pashallëkut dhe jashtë tij. Përforcimi i këtij sundimtari shqiptar, theksonte Bonaparti, ishte në interes të Republikës.
Në sajë të kësaj përkrahjeje, që e shfrytëzoi në dobi të synimeve të tij, Ali Pasha ndërmori në gusht të vitit 1797 një sulm të befasishëm kundër bregdetit shqiptar të Himarës. Para kësaj, me lejen e francezëve, kishte futur flotiljen e tij në kanalin e Korfuzit. Si rrjedhim, ai shtiu në dorë pjesën kryesore të këtij bregdeti që nga Butrinti deri në Porto Palermo. Këto pushtime ishin një hap i rëndësishëm për shtrirjen e mëtejshme të pushtetit të Ali Pashës në Shqipërinë Jugore. Duke u njohur banorëve të këtyre trevave privilegjet e tyre dhe duke i trajtuar mirë, ai i ktheu ata në rezervën e vet ushtarake. Përparimin përtej Porto-Palermos nuk e ndalën aq forcat e bashkuara të Xhafer Pashës së Vlorës dhe Mustafa Pashës së Delvinës, sesa ndërhyrja e Ibrahim pashë Bushatlliut, që u dërgoi ushtri osmanëve, si dhe aleanca ruso-osmane që u krijua në këtë kohë kur Bonaparti filloi fushatën kundër Egjiptit. Tani sundimtarit të Janinës i erdhi rasti për t’u kthyer kundër Francës dhe për të shtënë në dorë ish-zotërimet venedikase në bregdet.
Napoleon Bonaparti dërgoi adjutantin e tij për t’i kërkuar Aliut të mbante anën e Francës kundrejt premtimit se do t’ia rriste shumë lavdinë e tij, ose të mbante të paktën neutralitetin nëse nuk mund të merrte pjesë aktive në kryengritjen e pashës së Vidinit, Pasvan Ogllusë, që i shkaktoi shqetësime Stambollit. Por Aliu, me të marrë vesh aleancën anglo-ruso-osmane kundër Francës, pa pritur të mbërrinte flota e bashkuar ruso-turke, që do t’i dëbonte francezët nga qytetet dhe ishujt jonianë, pushtoi Butrintin, të cilin francezët kishin refuzuar t’ia jepnin në formë miqësore, dhe pastaj Prevezën e Vonicën. Pargën nuk e mori dot, sepse ndërkohë mbërritën forcat ruse që e vunë nën kontrollin e tyre. Kështu u realizua më së fundi synimi për t’i siguruar pashallëkut një dalje të gjerë në bregdet dhe zotërimin e një vargu skelash me rëndësi tregtare.
Rusët e suliotët
Për ta shpërblyer për pjesëmarrjen e forcave të Pashallëkut të Janinës në luftën kundër francezëve, Porta e Lartë, në vitin 1799, i dha Ali Pashës gradën e vezirit. Por kjo gradë nuk ishte veçse një akt ngushëllimi, sepse, me këmbënguljen e rusëve, të cilët e shihnin Ali Pashën si një pengesë të synimeve të tyre sunduese në Gadishullin Ballkanik, qytetet bregdetare duhej t’i hiqeshin atij nga dora. Konventa ruso-osmane e muajit prill 1800 krijoi Republikën e Shtatë Ishujve dhe me këtë sanksionoi vendosjen e rusëve në ishujt jonianë. Duke i njohur ish-qytetet venedikase si prona të sulltanit, konventa sanksionoi shkëputjen e tyre nga sundimi i Ali Pashës. Mirëpo ky i fundit edhe pse i largoi garnizonet e veta ushtarake nga këto qytete, e ktheu në një vegël të vetën të dërguarin e sulltanit të caktuar për administrimin e tyre.
Ndërhyrja e rusëve në Pargë dhe në përpilimin e konventës i ashpërsoi aq shumë marrëdhëniet e vezirit të Janinës me përfaqësuesit diplomatikë rusë, sa këta filluan të ndiqnin politikën e venedikasve, duke nxitur e përkrahur suliotët si dhe bllokun feudal të Shqipërisë së Jugut kundër tij.
Vendosja e rusëve në ishujt jonianë dhe qëndrimi i tyre armiqësor ndaj vezirit të Janinës, që nisi qysh më 1798, i dha zemër Mustafa pashë Delvinës të kërkonte ndihmë prej tyre dhe të ngrihej kundër Ali Pashës. Por në tetor 1799, Aliu e detyroi me forcën ushtarake Mustafa Pashën të nënshtrohej. Pastaj nën komandën e Jusuf Arapit, të cilin e dërgoi në Filipopoli, nënshtroi rebelin Kara Fejzi, komandant i kërxhallinjve. Por rusët, pasi e detyruan Portën e Lartë të nënshkruante traktatin e 21 prillit 1800, kërkuan që sundimin e sanxhakut të Delvinës t’ia jepnin agjentit të tyre, Mustafa Pashës. Kjo ngjarje, si dhe veprimtaria ruse kundër Ali Pashës, u dha siguri suliotëve që kishin gjetur tani një aleat të fuqishëm. Megjithëse kishin rënë në një farë marrëveshje me Ali Pashën dhe nuk e kishin trazuar për të mos provokuar sulme të tjera, suliotët e shkelën ujdinë dhe, të ndihmuar prej rusëve, arritën të grabisnin edhe kopetë e Aliut. Ai nga ana e vet vendosi tani t’i nënshtronte përfundimisht suliotët, duke i akuzuar si vegla të rusëve. Këta filluan të veprojnë ndaj tij dhe e paditën në Stamboll për përpjekje për pavarësi.
Në muajin qershor 1800, pasi siguroi përkrahjen e agallarëve kryesorë çamë, Aliu filloi ekspeditën kundër Sulit, por këtë herë duke përdorur një taktikë të re, atë të një rrethimi të fortifikuar që sa vinte e ngushtohej. Ndonëse rusët bënë përpjekje për të ndihmuar malësorët suliotë me armë e municion, duke organizuar një besëlidhje me feudalët kundërshtarë fqinjë, zgjuarsia e vezirit bëri që ato të mos kishin sukses. Pas luftimesh të dëshpëruara, më 25 dhjetor 1803, malësorët trima të Sulit nënshkruan aktin e kapitullimit para Veli Pashës, i cili pranoi kushtin që ata të largoheshin jashtë kufijve të pashallëkut. Por veziri, duke paraparë se suliotët do të vazhdonin luftën nga Parga e ishujt jonianë, nuk e miratoi marrëveshjen dhe urdhëroi që karvanët e suliotëve të ktheheshin e të vendoseshin në trojet e pashallëkut, ku ai do t’u krijonte kushte jetese, pune e shërbimi siç u kishte premtuar disa herë me radhë. Mirëpo suliotët nuk pranuan të ktheheshin dhe filluan luftimet kundër reparteve të vezirit. Në këto luftime ndodhi edhe heroizmi i grave suliote, të cilat u sakrifikuan bashkë me fëmijët e tyre duke u hedhur në rrëpirën e shkëmbit të Za-Llongut. Një pjesë e mirë e suliotëve duke pasur edhe armët në dorë kapërcyen kufijtë e pashallëkut dhe u strehuan në Pargë e në ishujt jonianë. Ata, ashtu siç kishte parashikuar Ali Pasha, vazhduan luftën e tyre kundër tij, sidomos inkursionet në vendbanimet bregdetare duke shkaktuar aty vrasje, djegie e grabitje të shpeshta gjatë dy dhjetëvjeçarësh. Këtë çështje të rëndë Aliu u përpoq ta mënjanonte, por nuk e zgjidhi, veçse në fund të vitit 1820, kur suliotët morën anën e tij kundër sulltanit.
Edhe pas kapitullimit të suliotëve, konti Mocenigo, përfaqësues rus në Korfuz, e vazhdoi qëndrimin armiqësor ndaj Ali Pashës. Ai nënshkroi me dy krerët e Çamërisë, Hasan Çaparin dhe Islam Pronjën, një marrëveshje për ndihmë kundër vezirit të Janinës. Ali Pasha, i cili mundi ta shtinte në dorë këtë akt, e denoncoi marrëveshjen e tyre pranë Portës së Lartë, si ndërhyrje të rusëve në punët e brendshme të Perandorisë Osmane. Ishte viti 1806 para se të fillonte lufta ruso-osmane e viteve 1806-1812.
Në pragun e kësaj lufte sulltani mori anën e Aliut, i la atij dorë të lirë mbi qytetet bregdetare të Prevezës, Vonicës e Butrintit dhe urdhëroi agallarët çamë t’i nënshtroheshin autoritetit të tij.
Ndërsa veziri i Janinës kishte filluar tanimë luftën për të nënshtruar përfundimisht suliotët dhe po ndeshej dhëmb për dhëmb me veprimtarinë armiqësore të rusëve, në muajin prill të vitit 1802, Porta e Lartë e ngarkoi të vendoste qetësinë në Rumeli ku vlonte mosbindja e anarkia, gjendje kjo që u interesonte synimeve ruse në Ballkan, ashtu siç u interesonte edhe gjendja e krijuar dhe e nxitur prej tyre në Shqipërinë Jugore.